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如何在plink中按家庭ID划分我的床bim和fam文件?

plink split

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Cat Kerr · 技术社区 · 11 年前

我想在plink中按家庭ID划分我的床、bim和fam文件。例如,我可以通过染色体输入:

p-link --bfile datafile1 --chr 1 --make-bed --out datafile2

这就为1号染色体制作了一个单独的床、bim和fam文件。

然而,在我的fam文件中,我有几个不同的家族ID,我想用它们来分割文件

Family 1 TS11339 0 0 2 -9
Family 1 TS11233 0 0 2 -9
Family 2 TF99288 0 0 2 -9
Family 2 YJ22997 0 0 2 -9
Family 3 YF00277 0 0 2 -9
Family 3 YY92779 0 0 2 -9

我想要Family1.bed-.bim和-.bam,Family2.bed--bim和--bam等。

我该怎么做? (很抱歉知识贫乏-刚开始使用plink)。

3 回复 | 直到 11 年前

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Giulio Genovese 9 年前

以下命令应在UNIX shell上拆分plink数据集:

for fam in $(awk '{print $1}' datafile1.fam | sort | uniq); do echo $fam | plink --bfile datafile1 --keep-fam /dev/stdin --make-bed --out $fam; done

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Christopher Chang 10 年前

简单一点:叮当声 --keep-fam .

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Community clintgh 4 年前

我想好了,你可以通过下面的plink来完成:

p-link--bfile数据文件1-keep LIST1.xt--make bed--out

其中LIST1.xt是家庭ID和个人的列表。因此,假设您想提取Family 1,LIST1.txt将由以下内容组成:

家族1 TS11339

家族1 TS11233

更多信息可以在plink网站上找到。