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dplyr在匿名函数中执行多个绘图

dplyr ggplot2 r

Richard J. Acton · 技术社区 · 6 年前

我想用 do

我模仿了哈德利对这个问题的回答: dplyr::do() requires named function?

我遇到的问题是将gg对象放入数据帧以返回它,如何手动执行 做 在我下面的工作示例中,是否自动将gg对象“包装”到可以放入数据帧的对象中?

df <-   data.frame( position=rep(seq(0,99),2),
                    strand=c(rep("-",100),rep("+",100)),
                    score=rnorm(200),
                    gene=c(rep("alpha",100),rep("beta",100))
        )

这很好:

plots <- df %>% 
    group_by(gene) %>%
    do(plot=
        ggplot(.,aes(position,score)) +
            geom_point()
    )
plots

# A tibble: 2 x 2
  gene  plot    
* <fct> <list>  
1 alpha <S3: gg>
2 beta  <S3: gg>

plots <- df %>% 
    group_by(gene) %>%
    do({
        plot <- ggplot(.,aes(position,score)) +
            geom_point()

        if (all(.$strand=="-")) {
            plot <- plot + scale_y_reverse()
        }
        data.frame(., plot) ##!! <<< how to get the ggplot object into a data frame
    })
plots

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
  cannot coerce class "c("gg", "ggplot")" to a data.frame

2 回复 | 直到 6 年前

Community Dunja Lalic 4 年前

我不认为你需要返回值是一个框架。试试这个:

plots <- df %>% 
    group_by(gene) %>%
    do(plot= {
        p <- ggplot(.,aes(position,score)) +
            geom_point()
        if (all(.$strand == "-")) p <- p + scale_y_reverse()
        p
    })
plots
# Source: local data frame [2 x 2]
# Groups: <by row>
# # A tibble: 2 x 2
#   gene  plot    
# * <fct> <list>  
# 1 alpha <S3: gg>
# 2 beta  <S3: gg>

我认为一个问题是,你的条件逻辑是好的,但你没有名称内块 do(...) .

您可以通过以下方式查看其中一个:

plots$plot[[1]]

plots$plot 而且它们会很快循环通过(在控制台上没有那么有用)。

acylam 6 年前

我们可以使用嵌套的数据帧而不是 do :

library(ggplot2)
library(tidyverse)

plots <- df %>%
  group_by(gene) %>%
  nest() %>%
  mutate(plots = data %>% map(~{
    plot <- ggplot(.,aes(position,score)) +
      geom_point()

    if (all(.$strand=="-")) {
      plot <- plot + scale_y_reverse()
    }
    return(plot)
  })) %>%
  select(-data)

# A tibble: 2 x 2
  gene  plots   
  <fct> <list>  
1 alpha <S3: gg>
2 beta  <S3: gg>

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