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如何在树状图中扩展叶节点的长度并添加节点标签

ggdendro ggplot2 r

Sathish · 技术社区 · 6 年前

我的任务是创建一个树状图,但叶节点显示钝边。如何延长叶节点的长度并添加节点标签?

请参见下面的当前和预期图像。

数据:

df1 <- data.frame( z1 = c(rep('P1', 5), rep('P2', 5), rep('P3', 3), rep('P4', 4)),
                   z2 = c(letters[1:5], letters[6:10], letters[11:13], letters[14:17]),
                   stringsAsFactors = FALSE)

代码:

library('data.table')
library('ggplot2')
library('ggdendro')
library('grid')

setDT(df1)
ddata <- dcast( data = df1[, .(z1, z2)],
                formula = z2 ~ z1, 
                fill = 0, 
                fun.aggregate = length, 
                value.var = 'z2')
setDF( ddata)
row.names(ddata) <- ddata$z2
ddata$z2 <- NULL
ddata <- dendro_data( as.dendrogram( hclust( dist( ddata), method = "average")))
p <- ggplot(segment(ddata)) + 
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) + 
  theme_dendro()
print(p)

当前绘图:

预期绘图:

1 回复 | 直到 6 年前

Shaun Wilkinson 6 年前

有几种方法可以做到这一点,最简单的方法可能是使用 dendrapply 。

如果插入新行以指定树状图对象:

dendro <-  as.dendrogram(hclust(dist(ddata), method = "average"))

然后创建一个简单函数,将叶节点的高度减少给定数量(d):

dropleaf <- function(x, d = 1){
  if(is.leaf(x)) attr(x, "height") <- attr(x, "height") - d
  return(x)
}

该功能可应用于所有节点,如下所示:

dendro <- dendrapply(dendro, dropleaf, d = 0.2)

如果要绘制轴,可以重新缩放打印,以便使用以下方法将最低点重置为零:

dendro <- phylogram::reposition(dendro, shift = "reset")

然后,您可以继续执行其余代码。。

ddata <- dendro_data(dendro)
p <- ggplot(segment(ddata)) + 
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) + 
  theme_dendro()
print(p)

产生以下输出:

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