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为什么ggplotly不能像ggplot那样在rmarkdown中工作

ggplotly r-markdown ggplot2 r

-1

statquant · 技术社区 · 5 年前

我想用 ggplotly 因为同样的副作用 ggplot graphics 做。我是说当我 knitr::knit rmarkdown::render 我想是Rmd文件 print(obj) 哪里 obj 是一个目标在报告中,事实并非如此。

有人能解释一下发生了什么事吗?
有谁能告诉我怎样才能实现我想做的。我希望能够在不返回对象的情况下将ggplotly图形绘制到函数中(我希望返回图形的底层数据),并且希望代码对ggplot和ggplotly都有效(即对ggplot或ggplotly使用相同的代码)

问题.R文件

#+ libs, echo = FALSE                                                                                                                                                                                                                                        
suppressMessages({                                                                                                                                                                                                                             
    library(ggplot2)                                                                                                                                                                                                                           
    library(plotly)                                                                                                                                                                                                                            
    library(rmarkdown)                                                                                                                                                                                                                         
})                                                                                                                                                                                                                                             

#+ functions decl, echo = FALSE
df <- data.frame(x = 1:5, y = 1:5)                                                                                                                                                                                                                             
f_0 <- function(df) {                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
    p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_line()
    # p or plot(p) or print(p) works                                                                                                                                                                                                   
    print(p)                                                                                                                                                                                                                                   
    return(df)                                                                                                                                                                                                                                 
}                                                                                                                                                                                                                                              
f_1 <- function(df) {                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
    p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_line()                                                                                                                                                                                                   
    p <- ggplotly(p)    
    # plot(p) crashes                                                                                                                                                                                                                       
    # print p does not print in report                                                                                                                                                                                                         
    print(p)                                                                                                                                                                                                                                   
    # p standalone does not work either                                                                                                                                                                                                        
    p                                                                                                                                                                                                                                          
    return(df)                                                                                                                                                                                                                                 
}                                                                                                                                                                                                                                              

#' # plots                                                                                                                                                                                                                                     
#' plot 0                                                                                                                                                                                                                                      
#+ plot_0                                                                                                                                                                                                                                      
res_0 <- f_0(df)                                                                                                                                                                                                                                 
#' plot 1                                                                                                                                                                                                                                      
#+ plot_1                                                                                                                                                                                                                                      
res_1 <- f_1(df)

rmarkdown::render("question.R")

输出

0 回复 | 直到 5 年前

Artem Sokolov 5 年前

编辑评论: 作为一种风格,将计算和绘图分离成不同的函数通常是一个好主意,因为它增加了模块性,使代码更易于维护,并且允许更精细的控制,而无需参数爬行。然后,各个函数的输出可以很容易地映射到单独的knitr块。

我知道您特别要求不要返回plot对象,但我只想指出,在返回结果的同时返回它提供了最干净和最优雅的解决方案:

---
output: html_document
---

```{r include=FALSE}
library( tidyverse )
df <- data_frame( x=1:5, y=1:5 )
```

```{r}
f <- function(df) {
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  list( result=df, plot=plotly::ggplotly(gg) )
}
res <- f(df)
res$plot
```

但是,如果绝对不能从函数返回plotly对象,则有一些替代方法。

选项1: 将plotly对象存储到父帧,以便从knitr块访问它。

```{r}
f1 <- function(df) {
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  assign("ggp", plotly::ggplotly(gg), envir=parent.frame())
  df    # NOT returning a plot
}
res1 <- f1(df)
ggp   # Let knitr handle the rendering naturally
```

选择2: 将绘图呈现为temporary.html,然后将其作为iframe导入

```{r, results='asis'}     # <-- note the "asis" chunk option
f2 <- function(df)
{
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  htmlwidgets::saveWidget( plotly::ggplotly(gg), "temp.html")
  print( htmltools::tags$iframe(src="temp.html", width=640, height=480) )
  df    # NOT returning a plot
}
res2 <- f2(df)
```

如果我错了,一辉可以纠正我,但knitr基本上是在幕后做“选项2”。它将htmlwidget(如plotly对象)呈现为临时的.html文件,然后将这些临时文件组合起来生成最终文档。它在函数内部失败的原因是,当执行离开函数作用域时,临时文件会被删除。(您可以通过使用 tempfile() "temp.html" ;的 iframe 对象将在最终文档中显示“找不到文件”错误。)可能有方法修改knitr挂钩以保留临时文件,但这超出了我的知识范围。最后,你没有这个问题的原因是 ggplot