运行Shining server时的特定R命令行选项

中概述了使其发挥作用的关键 1.3.5 R Installation Location 闪亮服务器配置手册。主要思想是创建自己的可执行文件,名为 R 让它将您想要的命令行参数传递给 R 可执行文件。

步骤1:创建新用户

我给我的取名叫鲍勃。将以下文件添加到Bob的主目录。

export PATH=/home/bob/myR:$PATH

/home/bob/myR/R:

#!/bin/bash
/usr/bin/R --max-ppsize 123456 "$@"

通过执行以下操作使第二个文件可执行 chmod +x /home/bob/myR/R .

第2步:配置shiny以Bob的身份运行应用程序

在Shining配置文件中,添加以下内容:

location /testApp {
  run_as bob;
  site_dir /srv/shiny-server/testApp;
  log_dir /var/log/shiny-server;
}

运行时 testApp ,Shiny将首先找到Bob的 .bash_profile ,这使得 指向Bob的版本,因为 $PATH 优先Bob的版本只是添加了您想要的 --max-ppsize 并将其传递给real R 可与其他选项一起执行 "$@" . 您可以自己测试,方法是:

$ su bob
$ source /home/bob/.bash_profile
$ which R
/home/bob/myR/R
$ R -q --args Test
> commandArgs()
[1] "/usr/lib/R/bin/exec/R" "--max-ppsize"          "123456"
[4] "-q"                    "--args"                "Test" 

第3步:创建一个testApp,确保一切都按预期运行

这是我的测试闪亮应用程序。

/srv/Shining server/testApp/ui。R

ui <- fluidPage(
  textOutput( "user" ),
  textOutput( "cmdArgs" )
)

/srv/Shining server/testApp/server。R

server <- function(input, output, session)
{
  output$user <- renderText({
    Sys.info()["user"]
  })

  output$cmdArgs <- renderText({
    paste( commandArgs(), collapse=" " )
  })
}

Firefox结果: