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如何在多个拆分数据帧中将列强制为行名,然后对所有(长度不等的)数据帧应用函数?

data-manipulation list r

ecology · 技术社区 · 6 年前

我试图在多个拆分数据帧中将列强制为行名,然后对所有数据帧应用函数?(不等长度)我得到了嵌入在下面代码中的错误。我能过去工作吗?

# sample dataset below

ID <- c("SB1","SB2","SB3","SB4","SB1","SB1","SB2","SB4","SB2", "SB1")
z <- c("A","B","C","D","E","A","B","C","D","D")
x <- 1:2
y <- 1:10
n <- max(length(x), length(y))
year <- c(1999,1999,1999,1999,2000,2001,2000,2001,2001,2002)
length(x) <- n                      
length(y) <- n
length(z) <- n
length(year) <- n
sitebyspec <- cbind(ID,x,y,z,year)
sitebyspec <- as.data.frame(sitebyspec)


# my process (split df by year, force ID column to rownames)
sitebyspec.split <- split(sitebyspec, (sitebyspec$year)) # split based on season
as.data.frame(sitebyspec.split) %>% remove_rownames %>% column_to_rownames(var="ID")
    ## Error in (function (..., row.names = NULL, check.rows = FALSE, check.names = TRUE, : arguments imply differing number of rows: 4, 2, 3, 1

# my next step if this worked ... 
sitebyspec.split %>%
  sitebyspec.split[,c(1:3)] %>%
  map(~ contribdiv(., "richness")) %>%
  map(summary)

我可以将列与行名集成到最后一步吗?

3 回复 | 直到 6 年前

Parfait 6 年前

考虑R基 by . 不像 split ,可以直接在子设置的数据帧上传递函数:

proc_df <- function(df) df %>% remove_rownames %>% column_to_rownames(var="ID")

df_list <- by(sitebyspec, sitebyspec$year, proc_df)

df_list
# sitebyspec$year: 1999
#     x y z year
# SB1 1 1 A 1999
# SB2 2 2 B 1999
# SB3 1 3 C 1999
# SB4 2 4 D 1999
# ---------------------------------------------------------------------------- 
# sitebyspec$year: 2000
#     x y z year
# SB1 1 5 E 2000
# SB2 1 7 B 2000
# ---------------------------------------------------------------------------- 
# sitebyspec$year: 2001
#     x y z year
# SB1 2 6 A 2001
# SB4 2 8 C 2001
# SB2 1 9 D 2001
# ---------------------------------------------------------------------------- 
# sitebyspec$year: 2002
#     x  y z year
# SB1 2 10 D 2002

对于扩展功能,

proc_df <- function(df) {
    tryCatch({df %>% 
               remove_rownames %>% 
               column_to_rownames(var="ID") %>%
               select(1:2) %>%
               contribdiv(., "richness")
             }, error = function(e) NA)
}

df_list <- by(sitebyspec, sitebyspec$year, proc_df)

jay.sf 6 年前

有了修改后的数据(见下文),这里有一个解决方案。

可能主要问题在于你的数据。如前所述,您的 x 列,我假设 十 应该自己回收的。那么 vegan::contribdiv() 希望至少有两个维度,并且您只在数据中提供一行。此外,它需要数字,并且只能应用于列 1:2 . 在你的代码中 as.data.frame(sitebyspec.split) ,您正在尝试将列表转换为数据帧,我认为您不希望这样做,并导致错误。

首先,使用 lapply() 改变 ID 列为行名。

sitebyspec.split <- lapply(sitebyspec.split, function(x) "rownames<-"(x, x[, 1])[, -1])

第二,使用 拉普莱() 将您的函数应用于列表。

library(vegan)
sitebyspec.result <- lapply(sitebyspec.split, function(x) contribdiv(x[, 1:2], "richness"))

结果

> sitebyspec.result
$`1999`
        alpha beta     gamma
SB1 0.6666667    0 0.6666667
SB2 0.6666667    0 0.6666667
SB3 0.6666667    0 0.6666667

$`2000`
    alpha beta gamma
SB4     1    0     1
SB1     1    0     1

$`2001`
        alpha beta     gamma
SB1 0.6666667    0 0.6666667
SB2 0.6666667    0 0.6666667
SB4 0.6666667    0 0.6666667

$`2002`
    alpha beta gamma
SB2     1    0     1
SB1     1    0     1

数据

sitebyspec <- data.frame(ID=c("SB1", "SB2", "SB3", "SB4", "SB1", "SB1", "SB2", "SB4", "SB2", "SB1"), 
                         x=1:2, 
                         y=1:10, 
                         z=c("A", "B", "C", "D", "E", "A", "B", "C", "D", "D"), 
                         year=c(1999, 1999, 1999, 2000, 2001, 2000, 2001, 2001, 2002, 2002))

akrun 6 年前

因为物体是 list ,我们可以循环通过 列表 具有 map 然后应用操作程序中的函数

sitebyspec.split %>% 
       map(~ .x %>% 
                remove_rownames %>% 
                column_to_rownames(var = "ID"))
#$`1999`
#    x y z year
#SB1 1 1 A 1999
#SB2 2 2 B 1999
#SB3 1 3 C 1999

#$`2000`
#    x y z year
#SB4 2 4 D 2000
#SB1 2 6 A 2000

#$`2001`
#    x y z year
#SB1 1 5 E 2001
#SB2 1 7 B 2001
#SB4 2 8 C 2001

#$`2002`
#    x  y z year
#SB2 1  9 D 2002
#SB1 2 10 D 2002

这个 contribdv 函数可以应用于同一个链

library(vegan)
sitebyspec.split %>% 
    map(~ .x %>% 
             remove_rownames %>% 
             column_to_rownames(var = "ID") %>% 
             select(1:2) %>% 
             contribdiv(., "richness"))
#$`1999`
#        alpha beta     gamma
#SB1 0.6666667    0 0.6666667
#SB2 0.6666667    0 0.6666667
#SB3 0.6666667    0 0.6666667

#$`2000`
#    alpha beta gamma
#SB4     1    0     1
#SB1     1    0     1

#$`2001`
#        alpha beta     gamma
#SB1 0.6666667    0 0.6666667
#SB2 0.6666667    0 0.6666667
#SB4 0.6666667    0 0.6666667

#$`2002`
#    alpha beta gamma
#SB2     1    0     1
#SB1     1    0     1

注意:OP将“x”、“y”列创建为 factor s,应该是 numeric

数据

sitebyspec <- structure(list(ID = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 1L, 2L, 4L, 
 2L, 1L), .Label = c("SB1", "SB2", "SB3", "SB4"), class = "factor"), 
x = c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L), y = 1:10, 
z = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L), .Label = c("A", 
"B", "C", "D", "E"), class = "factor"), year = c(1999, 1999, 
1999, 2000, 2001, 2000, 2001, 2001, 2002, 2002)), .Names = c("ID", 
 "x", "y", "z", "year"), row.names = c(NA, -10L), class = "data.frame")