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函数的作用是:当边超过一个时,在节点之间重叠边

visnetwork r

firmo23 · 技术社区 · 7 年前

我有下面的代码,它使用r包可视化网络 visNetwork .

library(visNetwork)                  
  id<-c("articaine","benzocaine","etho","esli")
  label<-c("articaine","benzocaine","etho","esli")
  node<-data.frame(id,label)

  from<-c("articaine","articaine","articaine","articaine","articaine","articaine","articaine","articaine","articaine")
  to<-c("benzocaine","etho","esli","benzocaine","etho","esli","benzocaine","etho","esli")
  title<-c("SCN1A","SCN1A","SCN1A","SCN2A","SCN2A","SCN2A","SCN3A","SCN3A","SCN3A")

  edge<-data.frame(from,to,title)

  visNetwork(nodes = node,edge)%>% 


    visOptions(highlightNearest=T, nodesIdSelection = T) %>%

    # Specify that hover interaction and on-screen button navigations are active
    visInteraction(hover = T, navigationButtons = T) %>%


    visIgraphLayout(randomSeed = 997)

如果删除最后一行

%>%


        visIgraphLayout(randomSeed = 997)

网络可视化是正确的

但是当我加进去的时候,我失去了一些边缘。

我需要 visIgraphLayout() 功能,因为它使我真正的网络看起来更好,也复制得更快。为什么会这样?可能的解决方案?

0 回复 | 直到 7 年前

JAIP 6 年前

折衷方法是将平滑特性指定给具有多条边的from-to组合,而不是其他组合。在我看来,这大大提高了绘图的速度。顺便说一下,我正在使用data.table和visNetwork。

##assign smooth property where multiple edges
edge_list[, N := .N, by = c("from", "to")]
edge_list[N > 1, smooth := T]
edge_list[N == 1, smooth := F]

##plot
visNetwork(nodes = node_list,
           edges = edge_list[, .(from, to, smooth)]) %>%
visNodes(physics = F) %>%
visIgraphLayout(randomSeed = 951)

很抱歉这个例子不可复制,但希望有用。

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