代码之家 › 专栏 › 技术社区 › Revan

snakemake:对输入和输出文件使用不同的文件夹

snakemake

Revan · 技术社区 · 6 年前

这很可能是一个非常基本的问题,但我在任何地方都找不到它的文档。

rule all:
    input:
        "fasta_file.fna"
    output:
        "headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

我想对不一定在同一文件夹中的一组文件运行此操作。有没有一种方法可以将另一个目录中的输入文件名作为命令(或配置文件)提供?

1 回复 | 直到 6 年前

Revan 6 年前

好吧,没关系,这也许不是个聪明的问题。

rule all:
    input:
        "input/{sample}.fna"
    output:
        "output/{sample}_headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

这样我就可以运行snakemake来查找我的目标文件,比如 snakemake output/A1_headers.txt

推荐文章

Théo Durand · 零食在规则中使用不同的通配符

1 年前

dddxxx · 根据输入文件的名称使用不同的shell命令

6 年前

Julio · 代码更改后Snakemake中的MissingRuleException

6 年前

fakechek · 手动创建snakemake通配符

6 年前

Masih · InputFunctionException with KeyError

6 年前

bli · snakemake中基准变量的意义

7 年前

tedtoal · 输出文件对象可以传递给SnakeMake中的输入函数吗?

7 年前

khikho · 存储shell命令的结果

7 年前

Jan Schreiber · Snakemake:用于不同文件位置的通用输入函数

7 年前

mau_who · 蛇人理解对齐命令的yaml解释

7 年前