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从矩阵中高效提取特定数据

slice matrix dataframe r

Josh · 技术社区 · 6 年前

我试图从2000x2000矩阵中提取许多不同的单独点( bigger_matrix )。我不需要所有矩阵(因此我不能使用 melt )但我需要提取特定实例并将其存储在新的预先指定的数据帧中( output_data_frame )。目前,我将此作为循环I R:

#example data
bigger_matrix=matrix(0,nrow =5,ncol=5)
rownames(bigger_matrix)=c('10001','10002','10009','100101467','10011')
colnames(bigger_matrix)=c('10001','10002','10009','100101467','10011')
output_data_frame=data.frame(nrow=7)
output_data_frame$Var1=c("10002",'10009','100101467','100129543','100129842','100131017','100131827')

output\u data\u frame$Var2=c(“10001”、“10001”、“10001”、“10001”、“10001”、“10001”、“10001”)

for (i in 1:nrow(output_data_frame)){
    p1=as.character(output_data_frame[i,1])
    p2=as.character(output_data_frame[i,2])
    output_data_framef[i,'value']=bigger_matrix[p1,p2]
    #count to monitor progress
    print(count)
    count=count+1
}

这个过程非常慢。有人知道如何更有效地做到这一点吗?

编辑 output\u data\u帧 看起来像这样(我想填写 NA s)

row.names   Var1    Var2    value   
1   1   10002   10001   NA  
2   2   10009   10001   NA  
3   3   100101467   10001   NA  
4   5   100129543   10001   NA
5   6   100129842   10001   NA
6   7   100131017   10001   NA
7   8   100131827   10001   NA

bigger\u矩阵 如下所示:

row.names   10001   10002   10009   100101467   10011
1   10001   0   0   0   0   0
2   10002   0   0   0   0   0
3   10009   0   0   0   0   0
4   100101467   0   0   0   0   0
5   10011   0   0   0   0   0

1 回复 | 直到 6 年前

dcarlson 6 年前

您应该阅读 Extract 手册页。假设只使用矩阵中实际存在的行名和列名(与示例不同),则可以直接提取值:

x <- matrix(1:25, 5, 5)
colnames(x) <- as.character(1:5)
rownames(x) <- as.character(1:5)
x
#   1  2  3  4  5
# 1 1  6 11 16 21
# 2 2  7 12 17 22
# 3 3  8 13 18 23
# 4 4  9 14 19 24
# 5 5 10 15 20 25
rows <- c("1", "1", "3", "5")
cols <-c("5", "4", "1", "2")
idx <- cbind(rows, cols)
valx <- x[idx]
data.frame(rows, cols, valx)
  rows cols valx
# 1    1    5   21
# 2    1    4   16
# 3    3    1    3
# 4    5    2   10

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