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Snakemake:导出d3dag-MissingInputException

neuro-image snakemake

Jan Schreiber · 技术社区 · 6 年前

snakemake.snakemake(snakefile=smfile,
                    dryrun=True,
                    forceall=True,
                    printdag=False,
                    printd3dag=True,
                    keepgoing=True,
                    cluster_config=cluster_config,
                    configfile=configfile,
                    targets=targetfiles)

不幸的是,它抱怨缺少输入文件。

keepgoing 选择 True

有没有一种聪明的方法可以不带输入文件导出DAG?

谢谢,

1 回复 | 直到 6 年前

Manavalan Gajapathy Pal 6 年前

--keep-going execution of independent jobs if a snakemake job fails . 也就是说,snakemake必须成功地开始运行作业。在你的情况下,它永远不会达到那个阶段。我可以想象丢失的输入文件将不允许创建DAG。

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