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为什么spplot在多个面板上花费这么多时间

sp shapefile raster geospatial r

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89_Simple · 技术社区 · 5 年前

我正在使用spplot绘制多个形状文件。这里有一个数据来构造

library(raster)
library(randomcoloR)

my.shp <- getData('GADM', country = 'BRA', level = 2)
my.shp$ID<- 1:nrow(my.shp)

我的数据由一个变量组成 X 如图所示,每列为一年

df <- matrix(sample(100:5000, 55040, replace = T), nrow = 5504, ncol = 10)
df <- data.frame(ID = 1:nrow(my.shp), df)

my.dat <- merge(my.shp, df, by = "ID")

variable.names <- paste0("X",1:10)

spplot(my.dat, rev(variable.names), col = NA, at = seq(from = 100, to = 5000, by = 500), 
          col.regions = distinctColorPalette(length(seq(from = 100, to = 5000, by = 500))),
          main = list(label = "TEST"))

我的问题是,这个图需要花很多时间(大约一个小时)来绘制,并且想知道代码本身是否存在一些固有的错误,以至于需要太长的时间来绘制。我的笔记本电脑有32 GB的内存。

谢谢

2 回复 | 直到 5 年前

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SeGa 5 年前

你愿意/能够转换到 sf 而不是 sp ?

sf plot函数比spplot快得多,尽管布局有点不同。

library(sf)
my.dat_sf <- st_as_sf(my.dat)
plot(my.dat_sf[rev(variable.names)], max.plot=10, breaks=c(seq(from = 100, to = 5000, by = 500),5000),
     pal = distinctColorPalette(length(seq(from = 100, to = 5000, by = 500))),
     main = "TEST", border=NA, key.pos=4)

此外,可以尝试使用 rmapshaper::ms_simplify() 对于空间*-对象或 sf::st_simplify() 对于simplefeatures,它允许您根据给定的 dTolerance . 因此,使用简化的多边形绘制也会更快。

原始空间多边形:

format(object.size(my.dat_sf), units="Kb")

“25599.2 KB”

以及简化的简单功能:

dat_sf_simple <- st_transform(my.dat_sf, crs = 3035)
dat_sf_simple <- st_simplify(dat_sf_simple, dTolerance = 1000, preserveTopology = T)
dat_sf_simple <- st_transform(dat_sf_simple, crs = 4326)
format(object.size(dat_sf_simple), units="Kb")

“7864.2 Kb”

绘制简化的simplefeature,它在我的8GB RAM机器上大约需要1分钟。

plot(dat_sf_simple[rev(variable.names)], max.plot=10, breaks=c(seq(from = 100, to = 5000, by = 500),5000),
     pal = distinctColorPalette(length(seq(from = 100, to = 5000, by = 500))),
     main = "TEST", border=NA, key.pos=4)

你也可以试试 ggplot2 但是我很确定最有效的解决方案是SF图。

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)

dat_sf_simple_gg <- dat_sf_simple %>% 
  dplyr::select(rev(variable.names), geometry) %>% 
  gather(VAR, SID, -geometry)

ggplot() +
  geom_sf(data = dat_sf_simple_gg, aes(fill=SID)) + 
  facet_wrap(~VAR, ncol = 2)

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SymbolixAU Adam Erickson 5 年前

我还没有把这个情节和你的相比 spplot 因为我不想花一个小时等它。

相反,我建议使用 library(mapdeck) 绘制一张交互式地图,需要几秒钟时间。

需要注意的两件事

你需要一个mapbox访问令牌
你需要转换 sp 对象到 sf

library(raster)

my.shp <- getData('GADM', country = 'BRA', level = 2)
my.shp$ID <- 1:nrow(my.shp)

df <- matrix(sample(100:5000, 55040, replace = T), nrow = 5504, ncol = 10)
df <- data.frame(ID = 1:nrow(my.shp), df)

my.dat <- merge(my.shp, df, by = "ID")


library(sf)
sf <- sf::st_as_sf( my.dat )

library(mapdeck)

set_token( "YOUR_MAPBOX_TOKEN" )

mapdeck() %>% 
  add_sf(
    data = sf
    , fill_colour = "GID_2"
    )