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进度条和mapply(作为列表输入)

mapply plyr progress-bar r

Roccer · 技术社区 · 7 年前

我想监控mapply函数的进度。数据由2个列表组成,有一个具有2个参数的函数。

我知道有pbapply包,但没有mapply版本,也有txtProgressBar函数,但我不知道如何将其用于mapply。

我试图创建一个可复制的示例(运行大约需要30秒)

mdply <- plyr::mdply

l1 <- as.list(rep("a", 2*10^6+1))
l2 <- as.list(rnorm(-10^6:10^6))

my_func <- function(x, y) {

ab <- paste(x, "b", sep = "_")
ab2 <- paste0(ab, exp(y), sep = "__")

return(ab2)

}

mapply(my_func, x = l1, y = l2)

mdply不工作

mdply(l1, l2, my_func, .progress='text')

Error in do.call(flat, c(args, list(...))) : 'what' must be a function or character string

2 回复 | 直到 7 年前

Bruno Zamengo 7 年前

?mdply 我敢说你不能指定两个数据输入。您的错误消息意味着 mdply 正在尝试使用 l2

以下操作很好

mdply(
    data.frame(x=unlist(l1), y=unlist(l2)), # create a data.frame from l1 and l2
    my_func, # your function
    .progress=plyr::progress_text(style = 3) # create a textual progress bar
)[, 3] # keep the output only

我想我现在明白你的目的了:

mdply(
    .data=data.frame(r=1:length(l1)), # "fake data" (I will use them as item index)
    .fun=function(r) return(my_func(l1[[r]], l2[[r]])), # a wrapper function of your function
    .progress=plyr::progress_text(style = 3) # create a textual progress bar
)[, 2] # keep the output only

请注意,我必须用一个新的函数包装您的函数,该函数只考虑一个参数,并且它使用该参数访问 l1 l2

Roccer 5 年前

回答我自己的问题。现在有一个包可以做到这一点。它被称为 pbapply

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