代码之家 › 专栏 › 技术社区 › shamalaia

重命名netcdf文件中的维度

nco netcdf

shamalaia · 技术社区 · 6 年前

我是个初学者 nco 我希望能得到一些关于我工作流程的建议,以及一些帮助我解决困难的问题。

我有 these data 包含两个不同时间步的三维盐度值:

dimensions:
    t = 780 ;
    z = 54 ;
    y = 450 ;
    x = 3600 ;
variables:
    double time(t) ;
        time:units = "days since 1-1-1 00:00:0.0" ;
    float level(z) ;
        level:units = "[m]" ;
    float lat(y) ;
    float lon(x) ;
    float salt(x, y, z) ;
        salt:units = "psu * 1000 + 35" ;
        salt:missingvalue = "-1.0E34" ;
        salt:longname = "salinity" ;

我想连接两个netcdf文件。

为此,我首先使用 ncecat *.nc -O merged.nc :

dimensions:
    record = UNLIMITED ; // (2 currently)
    t = 780 ;
    z = 54 ;
    y = 450 ;
    x = 3600 ;
variables:
    double time(record, t) ;
        time:units = "days since 1-1-1 00:00:0.0" ;
    float level(record, z) ;
        level:units = "[m]" ;
    float lat(record, y) ;
    float lon(record, x) ;
    float salt(record, x, y, z) ;
        salt:units = "psu * 1000 + 35" ;
        salt:missingvalue = "-1.0E34" ;
        salt:longname = "salinity" ;

现在变量 time 和维度 t 都是假的。所以,我用 ncks -O -x -v time merged.nc merged.nc :

    record = UNLIMITED ; // (2 currently)
    y = 450 ;
    z = 54 ;
    x = 3600 ;
variables:
    float lat(record, y) ;
    float level(record, z) ;
        level:units = "[m]" ;
    float lon(record, x) ;
    float salt(record, x, y, z) ;
        salt:units = "psu * 1000 + 35" ;
        salt:missingvalue = "-1.0E34" ;
        salt:longname = "salinity" ;

现在,我要重命名维度 record 用: ncrename -d record,time merged.nc . 命令运行时没有错误或警告。但当我这么做的时候 ncdump -h merged.nc 我明白了错误 :

ncdump:merged.nc:netcdf:hdf错误

这是什么意思?我在哪里做错了?

编辑

根据发布的答案 Charlie Zender

ncecat -O -u time *.nc merged.nc
ncks -O -x -v time merged.nc merged.nc

导致:

dimensions:
    time = UNLIMITED ; // (2 currently)
    y = 450 ;
    z = 54 ;
    x = 3600 ;
    t = 780 ;
variables:
    float lat(time, y) ;
    float level(time, z) ;
        level:units = "[m]" ;
    float lon(time, x) ;
    float salt(time, x, y, z) ;
        salt:units = "psu * 1000 + 35" ;
        salt:missingvalue = "-1.0E34" ;
        salt:longname = "salinity" ;
    double time(time, t) ;
        time:units = "days since 1-1-1 00:00:0.0" ;

// global attributes:
        :history = "Tue Jun  5 09:08:25 2018: ncks -O -x -v time merged.nc merged.nc\nTue Jun  5 09:08:19 2018: ncecat -O -u time OFES_salt_mmean_607.nc OFES_salt_mmean_608.nc merged.nc" ;
        :NCO = "netCDF Operators version 4.7.4 (http://nco.sf.net)" ;
        :nco_openmp_thread_number = 1 ;

1 回复 | 直到 6 年前

Charlie Zender 6 年前

首先,我推荐的命令是

ncecat -O -u time *.nc merged.nc

这样就不需要重命名 record 到 time . 然后

ncks -O -x -v time merged.nc merged.nc

这样行吗?

编辑问题的答案:

关于ncrename接收到的错误,您可能遇到了下面描述的netcdf4库错误 here . 建议的解决方案是转换为netcdf3,重命名,然后根据需要转换回netcdf4:

ncks -3 in.nc out.nc
ncrename -d record,time out.nc
ncks -4 out.nc out.nc