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使用biomart的Lappy问题

biomart lapply bioinformatics r

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Jack Dean · 技术社区 · 7 年前

在提取所有人类基因时,我试图使用lapply来更改物种名称。

我还在学习如何使用lapply,我不知道我做错了什么。

到目前为止,我已经:

library(biomaRt)

我创建集市:

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl_mmusculus <- useMart("ensembl", 
                     dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
ensembl_ggallus <- useMart("ensembl",
                       dataset = "ggallus_gene_ensembl")

设置种类:

species <- c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")

然后我尝试使用Lappy:

species_genes <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                  "external_gene_name"), 
                                   filters = "biotype", 
                                   values = "protein_coding", 
                                   mart = paste0(s, "_ensembl")))))

它会给我一条错误消息,说:

martCheck(mart)错误:必须提供有效的mart对象。到使用函数useMart创建Mart对象。检查useMart for 更多信息。

1 回复 | 直到 7 年前

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missuse 7 年前

这应该可以做到:

species_genes <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                                  "external_gene_name"), 
                                                   filters = "biotype", 
                                                   values = "protein_coding", 
                                                   mart = get(paste0("ensembl_", s))))

说明:

这个 mart 中的参数 getBM 函数需要类的对象 Mart 而不是 string

class(ensembl_ggallus)
#output
[1] "Mart"
attr(,"package")
[1] "biomaRt"

通过使用

paste0("ensembl_", s)

您会得到一个字符串,例如:

"ensembl_hsapiens"

这个 base 作用 get 按名称在环境中搜索对象。

get("ensembl_hsapiens") 

identical(get("ensembl_hsapiens"), ensembl_hsapiens)
#output
TRUE