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Biopython和检索期刊全名

pubmed biopython python-3.x

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user2891883 · 技术社区 · 7 年前

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

Entrez.email = "my_email@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

idlist = record["IdList"]

records = list(records)

for record in records:
    print("source:", record.get("SO", "?"))

所以这很好,但需要记录。get(“SO”),“?”)仅返回日记账的缩写(例如, 英国医学杂志 不 新英格兰医学杂志 ). 根据我在手动PubMed搜索中的经验,您可以使用缩写或全名进行搜索,PubMed将以相同的方式处理这些内容,因此我想是否还有一些参数可以获取全名?

1 回复 | 直到 7 年前

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cdlane 7 年前

所以这很好,但需要记录。get(“SO”),“?”)仅返回日记账的缩写

不,它没有。由于这条线,它甚至不会运行:

records = list(records)

像 records

idlist = record["IdList"]

['17510654', '2246389'] 旨在通过 Entrez.efetch() 调用以获取实际数据。所以当你这么做的时候 record.get("SO", "?") 在其中一个数字字符串上,代码(再次)爆炸。

首先 "SO" 字段缩写定义为返回日记账标题缩写(TA),作为其返回内容的一部分。你可能想要 "JT" 日记账标题定义见 MEDLINE/PubMed Data Element (Field) Descriptions . 但这两者都与查找无关。

from Bio import Entrez

Entrez.email = "my_email@gmail.com"  # change this to be your email address
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cancer AND wombats", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

for identifier in record['IdList']:
    pubmed_entry = Entrez.efetch(db="pubmed", id=identifier, retmode="xml")
    result = Entrez.read(pubmed_entry)
    article = result['PubmedArticle'][0]['MedlineCitation']['Article']

    print('"{}" in "{}"'.format(article['ArticleTitle'], article['Journal']['Title']))

输出

> python3 test.py
"Of wombats and whales: telomere tales in Madrid. Conference on telomeres and telomerase." in "EMBO reports"
"Spontaneous proliferations in Australian marsupials--a survey and review. 1. Macropods, koalas, wombats, possums and gliders." in "Journal of comparative pathology"
>

详细信息可在文档中找到: MEDLINE PubMed XML Element Descriptions