问题描述
我有一个将被集群的数据框和一个定义节点颜色的数据框,如下所示:
# DATA
color.df <- data.frame(
name = c('node1',"node2","node3"),
color = c('green','red','blue')
)
data.df <- t(data.frame(
node1 = c(1,2,3,5),
node2 = c(4,5,3,5),
node3 = c(3,3,2,1)
))
然后我应用分层聚类并将其转换为径向网络:
# CLUSTERING
distance.mat <- dist(data.df)
hc <- hclust(distance.mat)
rad <- as.radialNetwork(hc, '')
diagonalNetwork(List = rad)
现在我想根据
color.df
,这是可行的,当所有节点的颜色是已知的(如图所示)
here
)然而,这变得更加困难,因为只有叶子应该被着色(显然我的网络比这个例子要复杂得多)。
我试过的
我认为方法是将节点名映射到一种颜色,使用JS如下:
function test(d, i) { return { "node1" : "green", "node2" : "red", "node3" : "blue" }[d] }
test("node1")
我试着在R中实现这一点:
w <- paste('{', paste(color.df %>%
mutate(name = paste0('"', name), color = paste0(color, '"')) %>%
unite('x', c(name, color), sep = '" : "' ) %>%
.$x, collapse= ', '), '}', collapse = '')
node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '[d.name]; }'))
rad <- as.radialNetwork(hc, '')
dn <- diagonalNetwork(List = rad, nodeColour = node.col.func)
这不工作,但代码本身的工作,因为我硬编码它的节点得到彩色:
node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '["node1"]; }'))
如果我使用警报
d.name
将返回“undefined”,因此显然我无法访问此处的节点名。