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奇点容器-在单独的分区中绑定文件夹

singularity-container

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MuhsinFatih · 技术社区 · 5 年前

我有一个私人组项目文件夹(我们称之为 data_dir )在没有根权限的高性能群集上。文件夹位于单独的分区中。
我有一个奇点容器 数据目录 是的。官方的 documentation says -B 标志是绑定路径,但我无法使用 -乙 是的。这就是我目前所尝试的:

XXXXXX ï« login1[~/work/subcam] master â¦¿ â  readlink data
/gpfs/projects/oceanvideo/data
XXXXXX ï« login1[~/work/subcam] master â¦¿ â  singularity run -B $(readlink data):$(pwd)/data container.sif
WARNING: skipping mount of /local_scratch: no such file or directory

________                               _______________
___  __/__________________________________  ____/__  /________      __
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_  /   /  __/  / / /(__  )/ /_/ /  /   _  __/   _  / / /_/ /_ |/ |/ /
/_/    \___//_/ /_//____/ \____//_/    /_/      /_/  \____/____/|__/


You are running this container as user with ID 21530 and group 21500,
which should map to the ID and group for your user on the Docker host. Great!

tf-docker ~/work/subcam > cd data
bash: cd: data: No such file or directory
tf-docker ~/work/subcam > cd /gpfs/
tf-docker /gpfs > ls
work
tf-docker /gpfs > cd projects
bash: cd: projects: No such file or directory

如何访问 数据目录 带着集装箱?

0 回复 | 直到 5 年前

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tsnowlan 5 年前

-B 是在容器中装入目录的正确方法。有几个选择:

如果 /gpfs/projects/oceanvideo/data 本身就是一个符号链接,它不会在容器内部解析并给出错误代码。 readlink 只解析一个级别。找到原始的、未链接的路径并将其与 -B 是的。
如果不是这样的话 singularity -vv run ... 以查看是否有有关未装入目录的原因的详细信息。
确保 the cluster allows user binds