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将2列r数据转换为热图

heatmap r

user6528780 · 技术社区 · 7 年前

在R中,我有一个包含两列的数据帧,x和y位置,我需要更改:

df = data.frame(x = c(1,3,2,6,2), y = c(2,1,5,3,5))

我的实际数据帧有数千个值。我首先希望添加第三列,以显示发生特定x和y值的事件的数量。例如,如果两次找到x=2和y=5的行,那么我们删除其中一行,并在该行的第三列中放置一个2。

最终这是要产生一系列的热图,这些特定的格式似乎是最好的测试出几个包。我自己也做了一些尝试,但没有运气。

1 回复 | 直到 7 年前

Uwe 7 年前

这可以通过使用 data.table

df = data.frame(x = c(1,3,2,6,2), y = c(2,1,5,3,5))

library(data.table)
setDT(df)[
  # count unique combinations of x-y-values
  , .N, by = .(x, y)][
    # fill missing to complete heatmap using cross join
    CJ(x = 1:max(x), y = 1:max(y)), on = .(x, y)][
      # replace NA
      is.na(N), N := 0][
        # reshape from long to wide
        , dcast(.SD, x ~ y)][
          # coerce to matrix
            , as.matrix(.SD), .SDcols = -"x"]

     1 2 3 4 5
[1,] 0 1 0 0 0
[2,] 0 0 0 0 2
[3,] 1 0 0 0 0
[4,] 0 0 0 0 0
[5,] 0 0 0 0 0
[6,] 0 0 1 0 0

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