代码之家 › 专栏 › 技术社区 › Nick Criswell

相关矩阵-tidyr聚集v.重塑2熔体

reshape2 tidyr ggplot2 matrix r

Nick Criswell · 技术社区 · 6 年前

我想使用 ggplot2 使上三角相关矩阵类似 this one . 我可以很好地复制它,但出于某种原因,我一直想转换 reshape2 功能到 tidyr 一个。我想我可以用 gather 代替 melt ,但这不起作用。

原始结果使用 `重塑2`

library(reshape2)
library(ggplot2)
mydata <- mtcars[, c(1,3,4,5,6,7)]
cormat <- round(cor(mydata),2)
library(reshape2)
melted_cormat <- melt(cormat)

# Get upper triangle of the correlation matrix
get_upper_tri <- function(cormat){
    cormat[lower.tri(cormat)]<- NA
    return(cormat)
}

upper_tri <- get_upper_tri(cormat)

melted_cormat <- melt(upper_tri, na.rm = TRUE)

ggplot(data = melted_cormat, aes(Var2, Var1, fill = value)) + 
    geom_tile()

我尝试使用 `聚集` 从…起 `三年` .

library(tidyverse)


#first correlatoin matrix
cor_base <- round(cor(mydata), 2)
#now UT
cor_base[lower.tri(cor_base)] <- NA
cor_tri <- as.data.frame(cor_base) %>% 
    rownames_to_column("Var2") %>% 
    gather(key = Var1, value = value, -Var2, na.rm = TRUE) %>% 
    as.data.frame()

ggplot(data = cor_tri, aes(x = Var2, y = Var1, fill = value)) + 
    geom_tile()

这些值都是相同的,但顺序发生了一些变化,这使得这看起来是错误的。检查 identical 不返回 TRUE 但这两个数据帧的值似乎是相同的。。。

> identical(cor_tri, melted_cormat)
[1] FALSE
> dim(cor_tri)
[1] 21  3
> dim(melted_cormat)
[1] 21  3
> sum(cor_tri == melted_cormat)
[1] 63

对此有什么想法吗?还是我应该继续加载 重塑2 为了实现我的目标?

谢谢

1 回复 | 直到 4 年前

Parfait 6 年前

本质上,这是 factor 和 character 类型 Var1 和 Var2 在Reformae2和tidyr版本之间。前者的 melt() 保留相关矩阵的因子和顺序: "mpg", "disp", "hp", "drat", "wt", "qsec" 和后者的 tibble:rownames_to_colums() 按字母顺序创建字符类型: "disp", "drat", "hp", "mpg", "qsec", "wt" . 如图所示,两者都有不同的影响绘图渲染的级别。

要解决此问题,请考虑 dplyr::mutate 线路使用 base::factor(rownames(.), ... )并明确将标高定义为cor_base的原始排列 row.names() . 此外,您的 Var1 和 Var2 已反转。

cor_base <- round(cor(mydata), 2)
cor_base[lower.tri(cor_base)] <- NA

cor_tri <- as.data.frame(cor_base) %>% 
  mutate(Var1 = factor(row.names(.), levels=row.names(.))) %>% 
  gather(key = Var2, value = value, -Var1, na.rm = TRUE, factor_key = TRUE) 

ggplot(data = cor_tri, aes(Var2, Var1, fill = value)) + 
  geom_tile()

此外,对于您或未来的读者,这里是 base::reshape 解决上述因素水平问题的版本:

cor_base <- round(cor(mydata), 2)
cor_base[lower.tri(cor_base)] <- NA

cor_base_df <- transform(as.data.frame(cor_base),
                         Var1 = factor(row.names(cor_base), levels=row.names(cor_base)))

cor_long <- subset(reshape(cor_base_df, idvar=c("Var1"), 
                           varying = c(1:(ncol(cor_base_df)-1)), v.names="value",
                           timevar = "Var2", 
                           times = factor(row.names(cor_base), levels=row.names(cor_base)),
                           new.row.names = 1:100,
                           direction = "long"), !is.na(value))

ggplot(data = cor_long, aes(Var2, Var1, fill = value)) + 
  geom_tile()

相关矩阵-tidyr聚集v.重塑2熔体

原始结果使用 重塑2

我尝试使用 聚集 从…起 三年 .

原始结果使用 `重塑2`

我尝试使用 `聚集` 从…起 `三年` .