异方差残差图与Pinhiero和Bates中显示的图不匹配

你错的地方是说

plot(fm2Dial.gnls, resid(.) ~ pressure, abline = 0)

是标准化的残差,而事实并非如此。你正确地发现了

plot(fm2Dial.gnls, resid(., type = "p") ~ pressure, abline = 0)

或者更彻底地说,

plot(fm2Dial.gnls, resid(., type = "pearson") ~ pressure, abline = 0)

给出了与书中相同的情节,这些都是标准化残差。

?residuals.gnls 解释的相当多:

类型---指定残差类型的可选字符串。 被使用。如果“响应”,则“原始”残差(观察-安装)为 使用;否则,如果“Pearson”,则为标准残差(原始残差 除以相应的标准误差);否则,如果 “标准化”,标准化残差(标准化残差 预乘估计的平方根反比因子 使用误差相关矩阵)。参数的部分匹配为 已使用,因此只需提供第一个字符。默认为 “反应”。

从这个描述中我们也看到了为什么选择 type 作为 "normalized" 和 "pearson" 得出相同的结果:前一个选项将考虑 依赖 结构上的误差,但由于我们只放宽了同构性假设,我们仍然没有依赖性。这在 nlme:::residuals.gnls 在里面

if (type != "response") {
    val <- val/attr(val, "std")
    lab <- "Standardized residuals"
    if (type == "normalized") {
        if (!is.null(cSt <- object$modelStruct$corStruct)) {
            val <- recalc(cSt, list(Xy = as.matrix(val)))$Xy[, 
              1]
            lab <- "Normalized residuals"
        }
    }
}