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awk或条件不工作

awk

dddxxx · 技术社区 · 6 年前

输入: 以制表符分隔的输入文件,其中15列是整数。

输出: 满足条件的行数。

我的代码:

$ closest-features --closest --no-overlaps --delim '\t' --dist --ec megatrans_enhancers.sorted.bed ../../data/alu_repeats.sorted.bed | awk -v OFS='\t' '{if ($15 <= 1000 || $15 >= -1000) print $0}' | wc -l
1188

在这种情况下,条件无法工作(文件中的行总数为1188,我确定至少某些行不满足该条件),因为如果删除或条件,那么它会突然工作:

$ closest-features --closest --no-overlaps --delim '\t' --dist --ec megatrans_enhancers.sorted.bed ../../data/alu_repeats.sorted.bed | awk -v OFS='\t' '{if ($15 <= 1000) print $0}' | wc -l
926

不知道我做错了什么。有什么建议吗?

awk命令输入示例:

chr1    378268  378486  chr1-798_Enhancer       17.2    +       chr1    375923  376219  AluY|SINE|Alu-HOMER529  0       +       E:375923        0.044   -2050
chr1    1079471 1079689 chr1-929_Enhancer       14.6    -       chr1    1071271 1071563 AluSx1|SINE|Alu-HOMER1669       0       -       E:1071271       0.13    -7909
chr1    1080259 1080477 chr1-830_Enhancer       16.7    -       chr1    1071271 1071563 AluSx1|SINE|Alu-HOMER1669       0       -       E:1071271       0.13    -8697
chr1    6611744 6611962 chr1-241_Enhancer       46.6    +       chr1    6611431 6611723 AluSc|SINE|Alu-HOMER10257       0       +       E:6611431       0.089   -22
chr1    6959639 6959857 chr1-58_Enhancer        100.1   -       chr1    6966612 6966911 AluSx|SINE|Alu-HOMER11041       0       -       E:6966612       0.137   6756
chr1    6960593 6960811 chr1-202_Enhancer       51.6    -       chr1    6966612 6966911 AluSx|SINE|Alu-HOMER11041       0       -       E:6966612       0.137   5802
chr1    7447888 7448106 chr1-2_Enhancer 181.9   -       chr1    7449489 7449799 AluSz|SINE|Alu-HOMER11879       0       +       E:7449489       0.119   1384
chr1    10752461        10752679        chr1-131_Enhancer       65.4    -       chr1    10752754        10753065        AluSq2|SINE|Alu-HOMER19455      0       +       E:10752754      0.106      76
chr1    12485694        12485912        chr1-353_Enhancer       36.7    +       chr1    12487328        12487634        AluSx3|SINE|Alu-HOMER23581      0       +       E:12487328      0.085      1417
chr1    12486469        12486687        chr1-141_Enhancer       63.6    +       chr1    12487328        12487634        AluSx3|SINE|Alu-HOMER23581      0       +       E:12487328      0.085      642

1 回复 | 直到 6 年前

RavinderSingh13 6 年前

试着把 && 条件,因为数字应大于 -1000 小于 1000 .

Your_command | awk '$15<=1000 && $15>=-1000{count++} END{print count}'

添加 -F"\t" 在上面 awk 以防您输入的内容也被制表符分隔。也不需要使用 wc -l 之后 AWK . 我已经为此编写了逻辑,所以给出满足条件的行数,方法是创建一个名为count的变量,并在输入文件的最后一个位置打印它。

另外,对于您提供的样本,输出如下 3 我认为是正确的。