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Snakemake:用于不同文件位置的通用输入函数

snakemake

Jan Schreiber · 技术社区 · 7 年前

我有两个地方可以存储我的海量数据: /data /work .

/数据 是质量控制后(中间)结果移动到的文件夹。它是为标准用户只读安装的。是写入新结果的文件夹。显然,它是可写的。

我不想从中复制或链接数据到 /工作 .

蛇人从内部 /工作 文件夹,并希望我的输入功能首先检查,如果所需的文件存在于 (并返回绝对值 /数据

def in_func(wildcards):
    file_path = apply_wildcards('{id}/{visit}/{id}_{visit}-file_name_1.txt', wildcards)
    full_storage_path = os.path.join('/data', file_path)
    if os.path.isfile(full_storage_path):
        file_path = full_storage_path
    return {'myfile': file_path}

rule do_something:
    input:
        unpack(in_func),
        params = '{id}/{visit}/{id}_{visit}_params.txt',

通用输入函数 将文件名作为输入,例如 {id}/{visit}/{id}_{visit}-file_name_1.txt 通配符呢?

我也试过类似的方法

def in_func(file_path):
    full_storage_path = os.path.join('/data', file_path)
    if os.path.isfile(full_storage_path):
        file_path = full_storage_path
    file_path

rule do_something:
    input:
        myfile = in_func('{id}/{visit}/{id}_{visit}-file_name_1.txt')
        params = '{id}/{visit}/{id}_{visit}_params.txt',

但是我无法访问中的通配符 in_func() 是吗?

谢谢

1 回复 | 直到 7 年前

Johannes Köster 7 年前

你可以用这样的东西:

def handle_storage(pattern):
    def handle_wildcards(wildcards):
        f = pattern.format(**wildcards)
        f_data = os.path.join("/data", f)
        if os.path.exists(f_data):
            return f_data
        return f

    return handle_wildcards


rule do_something:
    input:
        myfile = handle_storage('{id}/{visit}/{id}_{visit}-file_name_1.txt')
        params = '{id}/{visit}/{id}_{visit}_params.txt',

换句话说,函数handle\u storage返回一个指针,指向为特定模式定制的handle\u通配符函数。一旦通配符值已知,Snakemake就会自动应用后者。在该函数中,我们首先格式化模式,然后检查它是否存在于 /data .

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