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knitr cache:如果数据文件发生更改而不是其他选项(例如`图xyz`)

knitr r-markdown r

Benjamin Christoffersen · 技术社区 · 6 年前

knitr ,我有一个块需要一段时间才能运行,我希望这个块在文件更改时更新,但在文件更改时不更新 fig.path cache chunk option to 1 但是我不能像建议的那样使用校验和 here

下面是一个降价文件的示例

---
title: "Example"
author: "Benjamin Christoffersen"
date: "September 2, 2018"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
data_file <- "~/data.RDS"
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file))
```

```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to that result do not change
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```

set.seed(1): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS") 针织产量

set.seed(2): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")

表明 large_computation 未按原样更新 cache.extra knitr:::cache1.opts 矢量。当然,我可以拯救世界 md5sum cache.rebuild 或者做一些类似的事情 大型计算 但如果有一个 dpi fig.width fig.height cache = TRUE 不起作用。我想可以修改包,以便能够添加选项到 刀:::cache1.opts .

1 回复 | 直到 6 年前

CL. 6 年前

如果我理解正确的话,问题是 cache.extra 如果 cache 1 . 事实上, this is by design

所需的行为是使所有块(包括具有 cache = 1 缓存.额外

如问题中所述,实现这一点的一种方法是使用 chunk option cache.rebuild 但是,与其手动跟踪外部文件中的更改,不如利用knitr的内置缓存功能:

```{r cachecontrol, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

如果将其作为早期块添加,则所有后续块的缓存都将失效 data_file 变化。我们的想法是

当然,这只适用于在 cachecontrol 计算块。

问题的完整示例:

set.seed(1); saveRDS(rnorm(100), "data.RDS") 使用不同的种子生成不同的外部文件,然后编织:

---
title: "Invalidate all chunks condidional on external file (even if cache=1)"
output: html_document
---

```{r}
data_file <- "data.RDS"
```

```{r cachecontrol, include = FALSE, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
# do NOT change global chunk options before this chunk
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width = 8)
```


```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to show that result do not change unless external file changes
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```