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mgcv:如何指定平滑和因子之间的交互作用?第二部分

mgcv r

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papgeo · 技术社区 · 6 年前

有一个标题相同的问题,不过,我希望这个问题也很有趣[我个人很想知道答案]。

首先,我将指定一个具有一个连续和一个因子协变量的数据集:

set.seed(1)
n <- 50
u1 <- sample(c(1,2), n, replace = TRUE) 
u1 <- factor(u1)
u2 <- runif(n)
data <- data.frame(u1, u2)

gam

第一,

a<-mgcv::s(u2,k=5,bs="ps",by=u1)
b<- mgcv::smoothCon(a,data=data,absorb.cons=TRUE)

然而,

b[[1]]$X[u1==2,]

仅由0组成。

a<- mgcv::s(u1,u2,k=5,bs="ad")
b<- mgcv::smoothCon(a,data=data,absorb.cons=TRUE)

但是,它给了我一个错误消息。 Error in Summary.factor(c(1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, : âminâ not meaningful for factors

这个问题怎么解决?我想有一个设计矩阵,为每一个层次的因素分别建立一个平滑的条款模型 u1

1 回复 | 直到 6 年前

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Community T.Woody 4 年前

我不想经营一家公司 gam

我想有一个设计矩阵,为每一个层次的因素分别建立一个平滑的条款模型 u1

library(mgcv)

set.seed(1)
n <- 50
u1 <- sample(c(1,2), n, replace = TRUE) 
u1 <- factor(u1)
u2 <- runif(n)
data <- data.frame(u1, u2)

a <- s(u2, k = 5, bs = "ps", by = u1)
b <- smoothCon(a, data = data, absorb.cons = TRUE)

smoothCon 生成长度列表 nlevels(u1) 对于这个因素“由”平滑。为创建虚拟矩阵 (本例中有两列),每列乘以 s(u2, l = 5, bs = "ps") . 所以, b[[1]]$X 是第一级的设计矩阵,以及 b[[2]]$X b[[1]]$X[u1 == 2] 给出所有零,因为这是的设计矩阵 u1 == 1 . 你想吗 cbind 这些单独的矩阵一起:

cbind(b[[1]]$X, b[[2]]$X)

请注意,因为您已设置 absorb.cons = TRUE u1型 mgcv

s(u2, k = 5, bs = 'ps', by = u1) + u1

这一点在问答中也有提到;A您引用的: mgcv: how to specify interaction between smooth and factor? . 在你的申请表里 mgcv公司 你也需要意识到这一点。所以一个完整的模型矩阵应该是

cbind(b[[1]]$X, b[[2]]$X, model.matrix(~ u1))