我还认为生物护垫是唯一的方法。但后来我意识到斐济的ImageJ MATLAB允许您将MATLAB数据传递给ImageJ。然后,您可以通过ImageJ保存图像,这样ImageJ就可以肯定地打开它。

问题是人们(或者只有一个人?)创建ImageJ MATLAB在创建从MATLAB到ImageJ的路径方面做得很好,但他们似乎没有费心优化行为。ImageJ MATLAB的 IJM.show('name') 有很多隐藏的或未记录的限制(我大量改变了 the documentation ,所以现在应该更清楚了)。最后,我编写了一个包装器函数

ijmshow

https://github.com/kouichi-c-nakamura/ijmshow

示例MATLAB代码

你可以用4行来完成。

addpath '/Applications/Fiji.app/scripts' % depends your Fiji installation
ImageJ

imp = ijmshow(I,'YXCZT') % I is 5D array of uint8 or uint16
% the second argument determines which dimension represents what
% imp is a 5D hyperstack

ij.IJ.saveAsTiff(imp, 'image1.tif');

在保存之前,您可能需要设置每个通道的显示范围。

2018年5月7日增加

copytoImagePlus 提供比 ijmshow公司 (您可以使用相同的语法),因为 copytoImagePlus 不依赖于 IJM 基本工作区中的变量。

https://github.com/kouichi-c-nakamura/copytoImagePlus

addpath '/Applications/Fiji.app/scripts' % depends your Fiji installation
ImageJ

imp = copytoImagePlus(I,'YXCZT') % I is 5D array of uint8 or uint16
% the second argument determines which dimension represents what
% imp is a 5D hyperstack

ij.IJ.saveAsTiff(imp, 'image1.tif');

另请参见 copytoImgPlus 创建图像J2 ImgPlus 对象。

https://github.com/fiji/fiji/blob/master/scripts/copytoImgPlus.m

ImageJ使用TIFF的第一个IFD的ImageDescription标记来存储其元信息。以下是有丝分裂样本数据集的示例(文件>打开样本>有丝分裂):

ImageJ=1.51d
images=510
channels=2
slices=5
frames=51
hyperstack=true
mode=composite
unit=\u00B5m
finterval=0.14285714285714285
loop=false
min=1582.0
max=6440.0

MATLAB的 Tiff 类可能为您提供足够细粒度的控制,以便将自定义ImageDescription写入第一个IFD;我不确定。

可能更容易使用 Bio-Formats 图书馆的 bfsave.m function 编写OME-TIFF,可以是5维;ImageJ可以通过 Bio-Formats plugin . 我建议使用 Fiji ImageJ的发行版,预装了Bio格式。

还有 this same question posted on MATLAB Central .

使用Matlab的 Tiff class .

我可以组装一个ImageDescription标记,我认为它看起来很好,ImageJ可以读取它( 文件(>);打开 )作为5D Hyperstack,但数据部分损坏。似乎存在偏移问题(我可以用Matlab再次很好地读取数据)。

但是,如果使用 文件(>);导入(>);Bio格式 如果在“生物格式导入”对话框中标记了带有Hyperstack的视图堆栈,则它在ImageJ中变为5D(XYCZT)堆栈。幸亏 ctrueden 感谢他有益的评论。

d = ones(100, 200, 10, 2, 3, 'single') * 3.765;
hyperstack_write('test.tif', d);

function hyperstack_write(file, hyperstack)
% Writes an (up to) 5D stack into a (XYCZT) HyperStack Tiff file
% readable by ImageJ
%
% hyperstack must have class single

% simple checks
assert(nargin == 2, 'Not enough arguments');
assert(isa(hyperstack, 'single'), 'hyperstack must be single');

% get all five dimensions
d = zeros(5, 1);
for i = 1 : 5
    d(i) = size(hyperstack, i);
end

% assemble image description
s = sprintf('ImageJ=1.51\nnimages=%d\nchannels=%d\nslices=%d\nframes=%d\nhyperstack=true\nmode=color\nloop=false\nmin=%.1f\nmax=%.1f\n', prod(d(3:5)), d(3), d(4), d(5), floor(min(hyperstack(:))*10)/10, ceil(max(hyperstack(:))*10)/10);

% open tif file for writing and set file tags
t = Tiff(file, 'w');

ts.ImageLength = d(1);
ts.ImageWidth = d(2);
ts.Photometric = Tiff.Photometric.MinIsBlack;
ts.Compression = Tiff.Compression.None;
ts.BitsPerSample = 32;
ts.SamplesPerPixel = 1;
ts.SampleFormat = Tiff.SampleFormat.IEEEFP;
ts.RowsPerStrip = 5;
ts.PlanarConfiguration = Tiff.PlanarConfiguration.Chunky;
ts.Software = 'MATLAB';
ts.ImageDescription = s;

% loop over dimensions 3, 4, and 5
for k = 1 : d(5)
    for j = 1 : d(4)
        for i = 1 : d(3)
            frame = hyperstack(:, :, i, j, k);
            t.setTag(ts)            
            t.write(frame);
            t.writeDirectory();
        end
    end
end

% close tif file
t.close();

end

看来,生物格式是唯一完全铺就和可用的出口方式>2D数据从Matlab传输到ImageJ,尽管在没有太多可用元数据且需要传输的情况下,此解决方案可能是一种轻量级的替代方案。