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重复的bash变量在命令中只使用一个实例

bash

justaguy · 技术社区 · 6 年前

在 bash 下面我正在循环通过 .fastq 文件并在注释命令中使用它们。变量 $pre 它的名字在里面,它确实提取了它,我不知道的问题是如何只在注释命令中使用它一次?在下面的示例中 $PRE 是 NA11111 但提取了两次。有没有一种方法只在命令中使用一次?我尝试删除重复项 awk 没有运气和尝试 cut . 谢谢:)。

猛击

 for file in /home/cmccabe/Desktop/fastq/*.fastq ; do
 sample=${file%.fastq}
 bname=`basename $sample`
 pre="$(echo $bname|cut -d- -f1,1)"

#bwa mem -M -t 16 /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta "$sample.fastq" "$sample" /home/cmccabe/Desktop/fastq/${pre}_aln.sam
   echo "$sample.fastq"
   echo "$sample"
   echo "$pre"
   done

电流输出

/home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R1_001.fastq   `this is $sample.fastq`
/home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R1_001         `this is $sample`
NA11111                                                                   `this is $pre`
/home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R2_001.fastq   `this is $sample.fastq`
/home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R2_001         `this is $sample`
NA11111                                                                   `this is $pre`

期望输出

#bwa mem -M -t 16 /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta "$sample.fastq" "$sample" /home/cmccabe/Desktop/fastq/${pre}_aln.sam

$sample.fastq = /home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R1_001.fastq
$sample = /home/cmccabe/Desktop/fastq/NA11111-100ng-E08A-C06_S5_L001_R1_001
$pre = NA11111

2 回复 | 直到 6 年前

chepner 6 年前

最简单的方法就是跟踪你已经看到的项目, 如果匹配,则跳过当前文件。

declare -A seen=()

for file in /home/cmccabe/Desktop/fastq/*.fastq ; do
  sample=${file%.fastq}
  bname=$(basename "$sample")
  pre=${name%%-*}

  # Go to the next file if $pre has already been seen
  [[ -v seen[$pre] ]] && continue

  # Remember that we've now seen $pre
  seen[$pre]=

  bwa mem -M -t 16 /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta "$sample.fastq" "$sample" "/home/cmccabe/Desktop/fastq/${pre}_aln.sam"
done

Poshi 6 年前

我认为您正在努力实现以下目标:

for file in /home/cmccabe/Desktop/fastq/*_R1_*.fastq
do
    file2=$(echo $file | sed 's/_R1_/_R2_/')
    sample=$(basename $file .fastq | cut -d- -f1)

    bwa mem -M -t 16 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample" /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta $file $file2 > /home/cmccabe/Desktop/fastq/${sample}_aln.sam
done

在我看来,这是对您的数据最好的常识处理。我假设您将需要两端,并且您将对结果进行后处理,因此需要readgroup行。

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