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汇总列值的组合

combinations for-loop r

Ally D · 技术社区 · 6 年前

我有一个包含两列的数据框

richness<- data.frame ("replicate_id"=c("1", "9", "10"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4))

我试图得到一个结果,在这里我有 replicate_id 以及 richness 与相关的副本

[1] - 3

[9] - 2

[10] - 4

[1+9] - 5

[1+10] - 7

[9+10] - 6

[1+9+10] - 9

最终,我不在乎 replicate\u id 并且希望得到的输出类似于:

output<- data.frame ("n.replicates"=c("1", "1", "1", "2", "2", "2", "3"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4, 5, 7, 6, 9))

我在一个嵌套的for循环中有这个,因为我有好几天的相同数据。注意:这意味着复制ID的长度每天都在变化(在本例中,我只有三个,但这取决于它们的大小)。我似乎已经试过无数次了。这是我用来获得组合的:

library(gtools)
for (i in 1:length(richness$replicate_id)){
  combs <-  data.frame(combinations (length(richness$replicate_id), i, richness$replicate_id))}

但之后我尝试的一切都是半身像,我尝试创建一个行值向量,然后总结replicate\u id是否在行值向量中,但没有结果。

任何帮助都将不胜感激,希望这有意义?除了遇到问题之外,我还在努力学习如何表达这个问题。

1 回复 | 直到 6 年前

Ronak Shah 6 年前

我们可以使用 lapply 并在每行上循环 richness 然后创建 丰富性 拿 x 每次。然后我们创建该组合的数据帧 rbind 他们在一起。

do.call("rbind", lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
   temp = combn(richness$richness, x)
   data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 }))


#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4
#4           2        5
#5           2        7
#6           2        6
#7           3        9

中间步骤没有 do.call 参数返回

lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
  temp = combn(richness$richness, x)
  data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 })

#   [[1]]
#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4

#[[2]]
#  n.replicate richness
#1           2        5
#2           2        7
#3           2        6

#[[3]]
#  n.replicate richness
#1           3        9

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