使用trace在R中编辑函数?

对于您的具体情况,您可能确实可以使用 trace 。

从你提供的链接我不知道你为什么说 函数中的函数 ,但这应该是可行的:

# example
trace("grepl", tracer = quote(ignore.case <- TRUE))

grepl("hi", "Hi")
## Tracing grepl("hi", "Hi") on entry 
## [1] TRUE

# your case (I assume)
trace("readTranscriptomeProfiling", tracer = quote(ignore.case <- TRUE))

注意,如果参数 ignore.case 您要修复的在呼叫中的位置不正确。

我曾经遇到过类似的问题,并使用 assignInNamespace() 。我没有安装你的软件包,所以我不能确定这是否适合你,但我认为应该这样。您将按以下步骤进行:

生成所需功能的编辑版本:

# I would just copy the function off github and change the offending line
readTranscripttomeProfiling <- function() {"Insert code here"}

# Get the problematic version of the function out of the package namespace
tmpfun <- get("readTranscripttomeProfiling", 
               envir = asNamespace("TCGAbiolinks"))

# Make sure the new function has the environment of the old 
# function (there are possibly easier ways to do this -- I like 
# to get the old function out of the namespace to be sure I can do 
# it and am accessing what I want to access)
environment(readTranscripttomeProfiling) <- environment(tmpfun)
# Replace the old version of the function in the package namespace
# with your new version
assignInNamespace("readTranscripttomeProfiling", 
                   readTranscripttomeProfiling, ns = "TCGAbiolinks")

我在另一个StackOverflow响应中找到了此解决方案,但目前似乎找不到原始解决方案。