我正在调试
Rcpp
运行时编译的代码。很长一段时间以来,我一直在努力让这一切顺利进行。
Debugging (line by line) of Rcpp-generated DLL under Windows
这问了同样的问题,但问题和答案都远远超出了我的理解范围。
以下是我所拥有的:
Windows 7 Pro SP1
R 3.5
Rstudio 1.1.463 with Rcpp.
Rbuild Tools from Rstudio. (c++ compiler)
程序:
在Rstudio文件中->新建文件->C++文件(使用timesTwo函数创建示例文件。)
// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
{
x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
}
return x;
}
我在保存时检查了Source,并将文件保存为RcppTest。成功获取或遵守文件的cpp。
在Rstudio中运行代码:
data = c(1:10)
data
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
timesTwo2(data)
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
<= x.size()
因此,结果是运行时错误。
问题是,如何获得有关此错误的调试输出,合理地告诉我发生了什么?
至少我想知道代码中触发异常的那一行以及使用哪些参数。
我可以安装任何额外的程序或应用任何其他设置,只要我能找到如何做到这一点的确切细节。现在我从零开始只是为了让它工作。非常感谢。
更新:
我发现这个网站:
Debugging Rcpp c++ code using gdb
我安装了最新的
gcc
8.1带
gdb
CXXFLAGS
在
makeconf
文件位于
C:\Program Files\R\R-3.5.1\etc\x64
然后我开始了
Rgui
正如建议的那样,但当我尝试
Rcpp:::sourceCpp
> library(Rcpp)
> Rcpp::sourceCpp('Rcpptest.cpp')
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:230: warning: overriding recipe for target '.m.o'
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:223: warning: ignoring old recipe for target '.m.o'
c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include" -DNDEBUG -I"C:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include" -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64" -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o
process_begin: CreateProcess(NULL, c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include -DNDEBUG -IC:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64 -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o, ...) failed.
make (e=2): The system cannot find the file specified.
make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:215: Rcpptest.o] Error 2
Error in Rcpp::sourceCpp("Rcpptest.cpp") :
Error 1 occurred building shared library.
WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.
Please download and install the appropriate version of Rtools:
http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
看起来它正在加载新的
它正在使用
DEBUG
,但它似乎仍然无法编译。有人知道为什么会出错吗?
Rgui
它开始于许多线程显示在
窗口,但Rstudio中的所有内容都像以前一样运行,没有来自Rstudio或
.
更新2:
Rgui
没有用于编译的Rtools,因此我从提供链接安装了Rtools。它安装在C:\r工具中,而Rstudio安装在C:\r构建工具中。所以我现在有3个编译器,Rtools,RbuildTools和
通用条款
具有
.
它现在可以编译了,但仍然会出现与我在Rstudio中相同的错误。我希望至少得到更好的错误输出,比如传递的行和值。
说明书上说
Rgui
应该有一个断点,但我找不到这样的选择。
我终于能够安装并运行Linux(Ubuntu 16.04.05)。
首先是我的
CXX标志
$ R CMD config CXXFLAGS
-g -O0 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
我必须创建一个
.R
我的主目录中的文件夹和
Makevar
CXXFLAGS = -g -O0 -Wall -pedantic -fstack-protector-strong -D_FORTIFY_SOURCE=2
仅此一项就花费了数小时,因为它实际上没有说制作文件夹和文件。
然后,我在断点处执行拉尔夫发布的命令:
> timesTwo2(d1)
Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, timesTwo2 (x=...) at RcppTest.cpp:19
19 NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
(gdb) n
20 for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
(gdb) n
22 x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
(gdb) display ii
1: ii = 0
(gdb) n
20 for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 0
(gdb) n
22 x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 1
(gdb) n
20 for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 1
(gdb) display x.at(ii)
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
22 x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 2
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb)
最后在
n = 10
:
1: ii = 10
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
0x00007ffff792d762 in Rf_applyClosure () from /usr/lib/R/lib/libR.so
(gdb)
这肯定是我在调试方面所做的最深入的工作,但这是一个非常基本的函数,调试输出甚至错误输出都不是很有用。它给了我它正在执行的行,它可以显示ii,但我无法显示数组值或整个数组。是否可以创建更具体的断点,使其仅在
ii == 10
?
理想情况下,我希望在Rstudio或其他可以显示整个向量的GUI中使用它。仍在进行更多测试。
