代码之家 › 专栏 › 技术社区 › Filip Najbr

在python中,如何从某个角度“降低”图形

analysis bioinformatics signal-processing matplotlib python

Filip Najbr · 技术社区 · 7 年前

我目前正在编写一个程序,该程序正在“做”和绘制DNA样本的相位分析,但有点问题: Output plot HERE! 右边的图片来自MATLAB,是它应该是什么样子的示例。左边的图像是我的程序输出的。正如你所看到的,蓝色的图形看起来是正确的,但它处于不同的角度。我已经检查了代码,它与我的程序的MATLAB版本基本相同。无论如何,我会把它放在这里,也许有个错误我不知道。但如果不是,有没有办法将图形“旋转/降低”到正确的位置?

Python代码:

def listIni(size, const=0):
    return [const] * size

seq = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta")
seqString = seq.format("fasta")
seq = seqString[72:]
seqLen = len(seq)

phase = listIni(seqLen)
A = complex(1, 1)
T = complex(1, -1)
C = complex(-1, -1)
G = complex(-1, 1)

RNL = range(0, seqLen)
ntLoc = np.asarray(RNL)


for i in RNL:
    if seq[i] == "A":
        phase[i] = np.angle(A)
    elif seq[i] == "T":
        phase[i] = np.angle(T)
    elif seq[i] == "C":
        phase[i] = np.angle(C)
    else:
        phase[i] = np.angle(G)

arrPh = np.asarray(phase)
unwrapedPh = np.unwrap(arrPh)
cumulatedPh = np.cumsum(arrPh)


plt.plot(ntLoc, unwrapedPh, label='uPhase', color='red')
plt.plot(ntLoc, cumulatedPh, label='cPhase', color='blue')
plt.xlabel("Relative nt location")
plt.ylabel("Angle")
plt.show()

2 回复 | 直到 7 年前

alexblae 7 年前

我认为问题在于 np.angle .

在你的代码中,我们有

angle('A') -> pi/4
angle('T') -> -pi/4
angle('G') -> 3pi/4
angle('C') -> -3pi/4

显然,对于负角度,累积和会减小。我想您更想要以下映射:

angle('A') -> pi/4
angle('T') -> 7pi/4
angle('G') -> 3pi/4
angle('C') -> 5pi/4

一次快速的肮脏的巡查

for i in RNL:
    if seq[i] == "A":
        phase[i] = np.angle(A)
    elif seq[i] == "T":
        phase[i] = np.pi-np.angle(T)
    elif seq[i] == "C":
        phase[i] = np.pi-np.angle(C)
    else:
        phase[i] = np.angle(G)

但这实际上取决于你想要去哪里,向量对应于基想要指向的地方。

Filip Najbr 7 年前

我刚想出来。而不是像我在这部分代码中所做的那样使用“手动序列加载”:

seq = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta")
seqString = seq.format("fasta")
seq = seqString[72:]
seqLen = len(seq)

我刚刚在Biopython中使用了内置的“功能”,如下所示:

record = SeqIO.read("C:/ec.fasta", "fasta")
sequence = record.seq

一切正常。为什么会这样仍然是个谜。无论如何,谢谢你的另一个想法和回应alexblae!