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TnT(Goloboff等人,2008)如何分配内部节点标签?

phylogeny python

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Gloom · 技术社区 · 6 年前

我使用TnT v1.1(Goloboff et al.,2008)将有无矩阵(PAM)中的突触形态分配给系统发育。TnT不允许内部节点id或分支长度,我需要使用分支长度和TnT数据进行统计分析。我有一个庞大的数据集>1000个分类群),因此手工分配分支长度将是乏味的。TnT根据数据文件中的第一个物种开始内部节点命名(例如,如果提供了一个包含100个物种的数据文件,并且黄曲霉是第一个物种,那么在a之前的节点。flavus标注为N101)。TnT在其ASCII树中提供内部节点,但在其输出newick树中不提供。

短暂性脑缺血发作

1 回复 | 直到 6 年前

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Pablo Goloboff 6 年前

只是偶然发现了你的帖子。

TnT不允许内部节点id或分支长度

对于newick格式的分支长度(在树n上),将“ttag”命令与“blength”命令组合,然后是“export”:

ttag-;ttag=;混合度*n;导出>文件名;

ttag命令允许操纵/连接树标签。例如,如果设置树标签并打印显示节点编号的树(使用“裸”命令),则可以使用“tsave*filename”(打开树文件),然后使用“save*”(保存标签)将标签保存到newick树:

naked-; ttag=; tplot n; tsav * con ; sav*;

所有这些都在TNT的在线帮助中进行了解释。

由于TNT还允许(通过脚本)处理分支长度、节点号等值,因此您可能可以在TNT本身中做很多您需要的事情,而不需要Python之类的东西。