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Bash while循环:被第三方命令中断

command while-loop bash

Michael Gruenstaeudl · 技术社区 · 3 年前

假设输入表( intable.csv )在其第二列中包含ID号,以及一个新的输出表( outlist.csv )其中输入文件(扩展一列)将逐行写入。

echo -ne "foo,NC_045043\nbar,NC_045193\nbaz,n.a.\nqux,NC_045054\n" > intable.csv
echo -n "" > outtable.csv

进一步假设一个或多个第三方命令(这里: esearch , efetch ; 两部分 Entrez Direct )用于检索每个ID号的附加信息。此附加信息将构成输出表的第三列。

while IFS="" read -r line || [[ -n "$line" ]]
do
    echo -n "$line" >> outtable.csv
    NCNUM=$(echo "$line" | awk -F"," '{print $2}')
    if [[ $NCNUM == NC_* ]]
    then
        echo "$NCNUM"
        RECORD=$(esearch -db nucleotide -query "$NCNUM" | efetch -format gb)
        echo "$RECORD" | grep "^LOCUS" | awk '{print ","$3}' | \
          tr -d "\n" >> outtable.csv
    else
        echo ",n.a." >> outtable.csv
    fi
done < intable.csv

记录和 回音“$RECORD” 你被淘汰了?如何纠正这种行为?

1 回复 | 直到 3 年前

Barmar 3 年前

如果 esearch while 循环,因此它将使用输入文件的其余部分。

解决方法是将标准输入重定向到其他地方,例如。 /dev/null .

while IFS="" read -r line || [[ -n "$line" ]]
do
    echo -n "$line" >> outtable.csv
    NCNUM=$(echo "$line" | awk -F"," '{print $2}')
    if [[ $NCNUM == NC_* ]]
    then
        echo "$NCNUM"
        RECORD=$(esearch -db nucleotide -query "$NCNUM" </dev/null | efetch -format gb)
        echo "$RECORD" | grep "^LOCUS" | awk '{print ","$3}' | \
          tr -d "\n" >> outtable.csv
    else
        echo ",n.a." >> outtable.csv
    fi
done < intable.csv

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