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R光栅中的自定义函数因zyp包中的回归而失败

r-raster r

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Stefano Potter · 技术社区 · 6 年前

很抱歉,我不能使这个重复,我已经尝试了很多次,但我不能得到相同的错误弹出。

这是我的问题,在R中有一个堆叠的光栅,它本质上是一个三维矩阵。这个叠加光栅的形状是(500,500,15)。我想对栈中的每个像素进行泰尔森回归,因此每一个向量中有15个元素的500次回归。可能存在NaN值。

这是我的代码示例:

libarary(raster)
library(zyp)

tsfun = function(x, na.rm){
     #if all Nan return NaN
     if all(is.na(x))){return(NaN)}
     #if less than three values are not NaN return NaN
     if length(na.omit(x)) < 3){return(NaN}
     #otherwise run the regression
     return(zyp.trend.vector(x)[["trend"]]
}

result = calc(input_stack, fun = tsfun, na.rm=TRUE)

但这又回来了:

Error in Kendall(t.prime[dmap.prime], ytnm) : length(x)<3 
Called from Kendall(t.prime[dmap.prime], ytnm)

当提示我探索错误时,它失败的向量是:

[1] 1 2

我已经为长度小于3的向量编写了一个变通方法,所以我不明白为什么会发生这种情况。

1 回复 | 直到 6 年前

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Robert Hijmans 6 年前

这是一个很难回答的问题,因为您没有提供示例数据。这就是我调试它的方法。使用循环而不是calc,这样您就可以找出它(第一次)失败的地方。检查情况,修理 tsfun 然后再试一次(可能从i的最后一个值开始)。

result <- raster(input_stack)

j <- 1
for (i in j:ncell(input_stack)) {
    result[i] <- tsfun(input_stack[i], na.rm=TRUE)
}

j <- i
input_stack[i]
tsfun(input_stack[i])

修理 茨法恩 再试一次,从失败的地方重新开始

for (i in j:ncell(input_stack)) {
    result[i] <- tsfun(input_stack[i])
}

我注意到你的功能 茨法恩 有一个 na.rm 未使用的参数,并且在第二个参数后缺少括号 return(NaN . 回来可能更合适 NA . 另外,第一行代码是多余的,因为第二行代码是多余的。在我看来,它还可以处理大部分或全部 钠 所以你不需要这些。所以可以重写为:

tsfun2 <- function(x) {
     if length(na.omit(x)) < 3) { return(NA) }
     return(zyp.trend.vector(x)[["trend"]]
}

或做

result = calc(input_stack, fun=function(x) { zyp.trend.vector(x)[["trend"]] } )

例如:

library(raster)
library(zyp)
s <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
ss <- stack(s, sqrt(s))
result <- calc(ss, fun=function(x) { zyp.trend.vector(x)[["trend"]] } )