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一种相似序列的聚集算法

algorithm

Andrey Shchekin · 技术社区 · 15 年前

假设您有一个类似序列的列表,例如

a a a a
a b a a a
x a a a a y
...

您希望检测所有这些序列的公共聚合,例如

x? a b? a a a y?

何处算子 ? 指定元素是可选的。

你会使用什么算法?

3 回复 | 直到 15 年前

Tobu 15 年前

看看 sequence alignment algorithms 用于生物信息学。

更具体地说,既然你有一个清单, multiple sequence alignment .这个 Viterbi algorithm 应该做的。

Gaim 15 年前

我认为如果你把你的列表转换成后缀树,那么它将是一个非常简单的递归解决方案,但我不确定渐进复杂性。

Alos 15 年前

您可能需要检查用于执行序列对齐的SmithWaterman算法。

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