所以我试图创建一个Cython模块,它使用我编写的.c文件。该.c文件需要一个特殊的链接选项(要编译它,我需要
gcc -o mycode mycode.c -lfftw3f
). 我可能只是在Cython中重写我的.c文件,但我想知道如何做到这一点。
我使用的是fftw3,在编译时,您需要使用
-lfftw3f
选项除
#include <fftw3.h>
在.c文件中,如果你想使用float版本,我会这样做。
我的
setup.py
看起来如下所示:
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
sourcefiles = ['mycode_caller.pyx', 'mycode.c']
ext_modules = [Extension("myext", sourcefiles, libraries=['fttw3f'])]
setup(
name = 'My Extension',
cmdclass = {'build_ext': build_ext},
ext_modules = ext_modules
)
我制作了一个名为
mycode.h
如下所示,其中包括
transform()
函数,在中定义
mycode.c
:
#include <fftw3.h>
#include <math.h>
#ifndef FOURIER_H_INCLUDED
#define FOURIER_H_INCLUDED
fftwf_complex** transform(float** in, int length);
#endif
还有我的Cython文件,
mycode_caller.pyx
看起来是这样的:
import numpy as np
cimport numpy as np
cdef extern from "stdlib.h":
void free(void* ptr)
void* malloc(size_t size)
cdef extern from "fftw3.h":
struct fftwf_complex:
pass
cdef extern from "fourier.h":
fftwf_complex** transform(float** in_arr, int length)
cdef float** npy2c_float2d(np.ndarray[float, ndim=2] a):
cdef float** a_c = <float**>malloc(a.shape[0] * sizeof(float*))
for k in range(a.shape[0]):
a_c[k] = &a[k, 0]
return a_c
cpdef test_transform(data):
nparr = np.zeros([14, 31])
c_array = npy2c_float2d(nparr)
ans = transform(c_array, 31)
当我跑步时
python setup.py build_ext --inplace
,它构建得很好,但如果我尝试导入它,它将声明以下内容:
ImportError: ./myext.so: undefined symbol: fftwf_execute
此错误是由于没有
-lfftw3f公司
在编译过程中传递给gcc的选项。我该如何解决此问题?没有办法在.c源文件中指定链接器命令,对吗?我需要告诉Cython.Distutils以某种方式使用此选项吗?
谢谢你的帮助!
编辑:
所以,我补充道
libraries=[fttw3f]
到我的
设置.py
文件,现在它在构建时抛出一个错误:
gcc -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/emodsp.o build/temp.linux-x86_64-2.7/fourier.o -lfftw3f -o /home/carson/Documents/Caltech/Senior/Winter/art89/Project/openepoc/emodsp.so
/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3f.a(alloc.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/local/lib/libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
error: command 'gcc' failed with exit status 1
