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在Slurm外使用srun

slurm bash

Poshi · 技术社区 · 5 年前

我有一个通常在slurm下运行的代码。类似的东西

if ! lengthy_command
then
    echo "Error occured"
fi

出于会计目的,我想搬到 srun 基于命令的启动:

if ! srun <srun params> lengthy_command
then
    echo "Error occured"
fi

但是在更改了该行之后,脚本将不再在交互会话中运行(在slurm之外)。是否有任何方法来概括脚本,以便它可以在这两种情况下运行?我看不到里面的任何东西 SRun 指向那个方向的文档。

1 回复 | 直到 5 年前

damienfrancois 5 年前

一个选项是使用变量并将其设置为 srun 在工作中时(例如 $SLURM_JOBID 设置),否则将其保留为空。

if [ -n $SLURM_JOBID ] ;  
then 
LAUNCH=srun <srun params>
else
LAUNCH=
fi

if ! $LAUNCH lengthy_command
then
    echo "Error occured"
fi

这种方法可以通过设置 LAUNCH 到 parallel <parallel options> 当使用GNU Parallel时,或者在使用另一个调度程序的集群中运行时使用其他命令。

另一个选项是创建一个名为 SRun 封装逻辑(未测试的):

srun() {
if [ -n $SLURM_JOBID ] ;  
then 
command srun $@
else
$@
fi
}

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